La ville de Bellegarde-sur-Valserine est située au confluent de la Valserine et du Rhône.

La nature des roches a donné au lit de ces cours d’eau une forme bien particulière : les pertes du Rhône (submergées depuis) et de la Valserine.

L’eau s’enfonce dans le sol et il est encore possible de traverser la rivière sur une courte passerelle. Cette particularité a fait du site un lieu de passage même s’il reste pratiquement inhabité jusqu’au xixe siècle. Le fleuve marque aujourd’hui la limite entre l’Ain et la Haute-Savoie.

Bellegarde-sur-Valserine est située au fond d’une vallée, délimitée par le plateau du Retord à l’ouest et par le massif du Grand Crêt d’Eau et le Vuache à l’est. Le passage creusé par le Rhône entre ces deux montagnes est la principale voie d’accès (en France) au pays de Gex et au sud du lac Léman.